同噶尔丹在一起，桑结会有一种全新的感受。这个人中等个头，头发茬粗硬，一对不大的眼睛机警深沉，举手投足自来带着敏捷精悍。他不光谈佛论经，还视野开阔，关心大事。他的消息多，内地的、喀尔喀及安多的事情都知道，连朝廷的事儿也能说出一二。他经常对国运时政发表评论，有的见解真是闻所未闻。桑结承认，从他那里学到不少东西。洛追和塔布因此也与噶尔丹有了些接触。
有一次，噶尔丹道出了身世，桑结大惊。原来他正是漠西准噶尔部汗王巴图尔浑之子，父亲死后，长兄僧格继位，十来岁的噶尔丹怀抱济世利民的一腔热血立志出家，游学西藏，并进入哲蚌。几年下来，他以广博的知识，天生的豪迈之气，善于同各类人打成一片的风格，在学员中很有威望，就连拉布、擦绒、索南几家大贵族的子弟也对其傧服，但除了桑结，无人知晓他的真实身份。
一次放假回宫，桑结一进门就喊：“阿伯啦，告诉你一件事。”五世达赖听完也甚感惊奇，立命侍从通知噶尔丹明日进宫。后来，五世达赖又多次召见噶尔丹，考察学业，鼓励慰勉。
康熙九年，噶尔丹二十七岁，准噶尔部落上层火并，僧格被刺身亡，内部混乱，僧格长子索南木拉密遣人入藏请叔父回去主持平叛。噶尔丹行前特到宫中向五世达赖请辞，在叙述了事情经过后，说：“哲蚌数年，承蒙佛爷多方关照，今学业未成，实不忍相离，世法无常，不知何日再拜于足下受教，万望赏赐一物以为纪念。”
五世达赖环顾左右，命益西捧过一条黄缎大哈达，施法加持后赐予噶尔丹。噶尔丹领受后说：“此去当以利济众生、宏扬黄教为念，乞佛爷遥加护佑。”
噶尔丹返新疆后，打出达赖佛爷弟子的招牌，扯出黄缎哈达为旗帜，很快集结了许多人马，将对方击败，扶索南木拉继任首领。两名凶手逃逸一个活捉一个，审讯后，才知安多七王子系长兄被刺的幕后主使。
这遇刺的僧格即是乌兰和硕一战中立了大功劳的僧格将军，索南木拉即前文提到的却图汗小妃所生之子，自幼随母嫁到准噶尔，僧格视若己出，阿明达热（固始汗之女）也生有一子，名阿拉布坦，时年十六七岁，后被噶尔丹送入拉萨学习，与桑结同班。
族人因索南木拉非僧格亲出，多有不服，部落刚稳又呈乱象，噶尔丹一不做二不休，索性自立为首领，双方混战中，索南木拉被杀。他将讯息报到宫中，五世达赖写去一信，赠予其“博硕克图汗”称号，并忠告归顺大清，方可长久保住汗位，巩固地盘。
噶尔丹接信后即派使者向朝廷进贡表示归顺，得到清政府承认和赏赐。他按照当时蒙古部落习俗，将索南木拉两个妻子纳入帐中，又见小妃和阿明达热虽近六旬余韵尚存，均一并收下。
尔后两年中，噶尔丹将厄鲁特的另两个部落杜尔伯特和土尔扈特都收归麾下，又征服了信仰伊斯兰教的民族，统一了天山南北广大地区，势力大大增强，客观上遏制了沙俄东扩的野心。但噶尔丹不甘心仅仅称雄漠西，他建立了准噶尔汗国，自称大汗，规划了先统一厄鲁特再统一全蒙古的霸业蓝图，要做第二个成吉思汗
再说顺治皇帝。早在固始汗去世五年后的1661年，顺治皇帝即下诏传位，玄晔继统，是为康熙。顺治帝乃24岁的青年，此前并无病状，诏书中也语意含糊，加之在位时笃信佛教，拜僧为师，逐致朝野议论纷纷，多言其因董妃之死看破红尘。时人吴梅村有诗曰：“双成明靓影徘徊，玉作屏风璧作台。薤露雕残千里草，清凉山下六龙来。”清凉山即五台山，至今仍有顺治帝出家的多处遗迹，如清凉寺、镇海寺、上善财洞等，且上善财洞墙壁上题有顺治亲笔所书诗一首，可惜文革中被毁。
得知此消息后，五世达赖上书朝廷，对顺治英年早去深表思念，感谢朝廷对自己一贯的信任与诚意，并在布达拉宫中的大皇帝万岁牌前合十顶礼后，沉默片刻，心中已然明白这佛缘今生难了后世当续。
这一年，还发生了一件大事：四世班禅罗桑曲结在扎什伦布寺圆寂，俗寿92岁。 卧病时，五世达赖曾派侍从送去礼品慰问，得知四世班禅圆寂的消息后，五世达赖非常悲痛，适逢宫中正为顺治皇帝举办七七四十九日祈福大法会，故特意委派益西总管代表向法体敬献哈达，给扎寺发放布施，同时传下法谕，命卫、藏、阿里、甘、青、康所有黄庙全体喇嘛为四世班禅早日转世诵经祈祷。上报朝廷后，康熙“遣官致祭”。鉴于四世班禅佛法精深、功劳卓着，扎寺决定建灵塔供养其法身，从此，为班禅建灵塔成为惯例。
康熙登基后，每年仍派专使持亲笔信和贵重礼物入藏慰问达赖、班禅。当时的云南王吴三桂看到清帝对五世达赖崇信有加，于是也极力示好，每年派使者向五世达赖送礼，给各大寺熬茶放布施。康熙在更为复杂的背景下，继承“尊黄”政策。
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